El territorio de Morelia se localiza en la región hidrológica VIII Lerma–Santiago, en la cuenca Hidrológica RH12G Lago de Pátzcuaro–Cuitzeo y Lago de Yuriria, particularmente en la subcuenca del Lago de Cuitzeo; éste es el más grande de Michoacán y sus principales afluentes son los ríos Grande y Queréndaro. 
Dentro del territorio municipal, hay 18 microcuencas, tres drenan a la subcuenca del río Balsas y las otras 15 forman parte de la subcuenca de Cuitzeo.
La hidrología superficial del Municipio se compone de corrientes de agua como los ríos Grande, Chiquito, Tupátaro, El Tejocote y Los Sauces. Los principales cuerpos de agua son la presa Cointzio, el manantial La Mintzita, la presa Umécuaro y La Alberca.
Actualmente existen diez áreas naturales protegidas.

Morelia se ha consolidado como nodo central de la economía en la región del lago de Cuitzeo y la zona metropolitana. Las actividades económicas predominantes son las relacionadas con el sector terciario, como las comerciales y de servicios.
En 2020 la población económicamente activa (PEA) era de 443,435 personas de las cuales el 2% (8,815 personas), se encontraba desocupada.
Del total de la PEA, el 79% trabajaba en el sector terciario, el 20% en el secundario y el 1% en el primario.
La distribución territorial de las actividades económicas en Morelia la caracterizan como una ciudad mono-céntrica, el Centro Histórico y sus alrededores se concentra la mayor cantidad de unidades económicas.
Fuera de la ciudad de Morelia, la mayoría de las localidades rurales están dedicadas a actividades del sector primario.  

Recientemente, se han identificado conflictos derivados de incompatibilidades entre los usos actuales y la aptitud de estos espacios, tales como:

• Uso de agricultura de riego sobre zonas que tienen aptitud de uso urbano.

• Uso urbano sobre áreas que proporcionan servicios ecosistémicos.

• Uso de agricultura de riego sobre aptitud de servicios ecosistémicos.

• Uso de agricultura de temporal sobre aptitud de uso urbano.

• Uso urbano sobre aptitud de agricultura de riego.

 • Zonas forestales ubicadas en el cerro del Quinceo que presentan presiones debido la actividad agrícola, así como la expansión del cultivo de aguacate y la expansión de la zona urbana, aunado a la excesiva extracción de materiales para construcción, han ocasionado un nivel alto de fragilidad ambiental.

• En la zona sureste se presenta desforestación y cambio de uso del suelo, por la conversión de áreas de bosque a agricultura, lo que provoca una alta degradación física.

• La zona ubicada en los alrededores de la localidad El Reparo, al sur poniente del municipio, sobre la carretera Morelia – Pátzcuaro. En esta zona se ha presentado un intenso proceso de lotificación de fraccionamiento de parcelas ejidales, aunado a una propuesta de implementación de actividades agroindustriales.